Вероятнее всего, проблема связана с тем, что Ext.draw.Container получает события resize/layout до того, как его внутренние canvas-элементы полностью отрендерены и добавлены в DOM.
В качестве решения можно попробовать:
инициализировать и добавлять draw-контейнер только после afterrender или непосредственно после show(), а не в скрытом состоянии;
откладывать операции resize/перерисовки через Ext.defer(...);
перед обращением к canvas.dom проверять, что элемент уже существует;
принудительно вызывать перерасчёт размеров графика после первого отображения компонента.
В тестовом проекте ошибка, скорее всего, не воспроизводится из-за более простой структуры и меньшего количества асинхронных layout/resize операций. В рабочем проекте при большем количестве компонентов и переключений возникает race condition между render и resize, которая и приводит к описанной ошибке.