Hola, mira, como estas usando la version Trial, esa misma version la vas a instalar en la instancia de Windows Server que generes en Amazon. CUando compras la version completa, vienen 2 archivos, la instalacion completa y el runtime, que son solo los archivos necesarios que instalarias en el servidor. Pero tratandose de que tienes la version trial, instalal el trial asi directo en tu instancia EC2, y copia tu ejecutable al direcorio donde hallas instalado Unigui, lo ejecutas y debe de correr sin problemas. Yo tengo mis aplicaciones igual en una instancia de amazon.
Saludos.